Tokom NATO bombardovanja, u noći 2/3. aprila 1999, uništeno je 5 fondova Arhiva koji su bili smešteni u zgradi SMUP-a, od čega četiri potpuno, a jedan delimično. Potpuno su uništeni fondovi AJ-453 Savezni društveni savet za međunarodne odnose, AJ-451 Savezni društveni savet za pitanja društvenog uređenja, AJ-452 Savezni društveni savet za privredni razvoj i ekonomsku politiku i AJ-454 Fond solidarnosti sa nesvrstanim zemljama i zemljama u razvoju. Delimično je uništen fond AJ-455 Avio-servis saveznih organa.

BROJ FONDA	NAZIV FONDA	INFORMATIVNO SREDSTVO	PERIOD GRAĐE
0451	SAVEZNI DRUŠTVENI SAVET ZA PITANjA DRUŠTVENOG UREĐENjA	popis	1971-1990.
0452	SAVEZNI DRUŠTVENI SAVET ZA PRIVREDNI RAZVOJ I EKONOMSKU POLITIKU	popis	1975-1990.
0453	SAVEZNI DRUŠTVENI SAVET ZA MEĐUNARODNE ODNOSE	popis	1975-1990.
0454	FOND SOLIDARNOSTI SA NESVRSTANIM ZEMLjAMA I ZEMLjAMA U RAZVOJU	popis	1975-1991.
0455	AVIO-SERVIS SAVEZNIH ORGANA	popis	1985-1992.